La principale nouveauté dans Dissidia 012 est le Scénario Principal 012 : La Trahison des Dieux, qui raconte l'histoire du douzième cycle de guerre entre les guerriers invoqués par les dieux Cosmos et Chaos, symboles respectivement de l'Harmonie et de la Destruction. Le jeu permettra de faire avancer l'histoire via un nouveau genre d'Odyssée du Destin (désormais sous forme d'une carte à l'instar des premiers Final Fantasy), toutefois les déplacements dans les "donjons" se feront toujours à l'aide de plateaux. Cependant à celles des Héros seront ajoutées celles des guerriers de Chaos. L'objectif principal consistera à expliquer ce qui est arrivé aux divers nouveaux personnages tels que Lightning, Tifa et Kain, les changements de camp de Tidus, Cloud et Terra, et surtout la raison de l'absence dans Dissidia de certains personnages, soit dans le treizième cycle.